Bu yeni İzmir'in kuruluşunda İskender'in Pagos Tepesinde gördüğü rüyanın yorumuna dayanmak yerine, dönemin deniz ve karada gelişen ticari potansiyelinin gelişmesinin dayattığı zorunluluk nedeniyle burada kurulmuş olduğuna inanmak, günümüz için çok daha bilimsel bir yaklaşımdır. İskender'in ölümünden sonra generalleri arasında ortaya çıkan çekişme nedeniyle proje bir süre sürüncemede kalır. Nihayet, rakibi general Antiganos'u M.Ö.302'de öldüren Lysimachos yeni İzmir'in kuruluşunu gerçekleştirir. Şehri Pagos tepesi ile İç Limana bakan yamaçlarda kurmaya başlar. Böylece 400 yıl önce Lidyalıların istilası ile yurtlarından edilen Meles Çayı etrafında küçük köysel yerleşimlerde yaşayan Homeros'un hemşehrisi İzmirliler, İzmir'e gelip yerleştiler.

   Kaynakların bazılarında Pagos tepesinde Lysimachos öncesinde Leleglerce kurulu bir yerleşim bulunduğu ve depremle yerle bir olduğu, Lysimachos'un burayı tamir ederek yeni İzmir'i kurduğu belirtilse de yapılan kazılarda bu düşünceyi destekler buluntuya pek rastlanamamıştır. Bulunan eserler Helen, Roma ve Osmanlı Türk uygarlıkları karakterlerini taşımaktadır. Akropol kalıntılarının temel bölümünde Helenistik, yükselen duvarlarda ise sıra ile Roma ve Bizans etkisinin gözlendiği kazı sonuçlarında belirtilmektedir. O dönemde şehrin saldırılara sürekli maruz kalması, sürekli savaşlar yüzünden güvenli surlarla çevrilmesi gereği vardı. Bunun üzerine bugün Kadifekale'de izlerine rastlanan Akropol'den itibaren birisi Basmane (Sart yolu) diğeri Eşrefpaşa (Efes yolu) üzerinden denize inen iki sur yapılır. Anadolu ticaretinde, dönemin en büyük potansiyeline sahip olan İzmir, su kemerleri, gimnasion'u, stadyumu, tiyatrosu ve agorası ile son derece gelişmiş ve düzenli bir kent olarak imar edilir. Pagos'ta yer alan tiyatro 16000 kişilik olup, kuzeye bakan seyirci tribünü denize karşı romantik ve muhteşem bir manzara sunar. 1638'e kadar tiyatronun duvarlarının ayakta olduğu bilinmektedir. Tiyatroda Claudius adına bir kitabenin bulunuşu Roma döneminde onarım gördüğünü kanıtlamaktadır.

Lysimachos'un başlattığı yeni İzmir şehirleşmesinin yayıldığı yamaçlar iç limana uzanıyordu. O dönemde iç liman, bugünkü Başdurak Camii ile Hisar Camii arasını kapsıyor ve agoraya kadar uzanıyordu.

Strabon'a göre de şehir bu iç limana ve denize tümüyle hakim bir konumda bulunuyor ve hatta iç liman ağzı zincirle kapanıyordu. Birbirini dik kesen ve kemerlerle süslenmiş sokaklarıyla, stadyumu topluma açık meydanları ve agorasıyla şehir çok düzenli bir plan çerçevesi içinde kurulup gelişmiştir. Kale içerisinde kanallar ve depo yer almaktadır. Bu kanallar ve deponun saldırılar esnasında şehrin su ihtiyacını karşılamak amacına yönelik olduğu sanılmaktadır. M.Ö. 178 depreminde tüm şehrin yıkılması ve iç limanın da kısmen kapanmasına rağmen Roma İmparatorluğunca İzmir'in taşıdığı önem gereği kısa sürede tüm yapılar eskisinden daha iyi bir şekilde onarılır yada yeniden yapılır .

Ortaya çıkan yapılar artık Helenistik bir karakter değil Roma damgası taşır. İzmir'in iç kalesi olarak işlev gören Pagos Tepesi 1317'den bu yana Türklerin elindedir. 1079'da Selçuklu Sultanı Kutalmışoğlu Süleyman Bey tarafından ilk kez ve ardından 1081'de Çakabey tarafından alınan İzmir, 1317'ye kadar zaman zaman bir Bizanslılar, bir Türkler tarafından alınır. Nihayet bu tarihte Aydınoğlu Mehmet Bey Kadifekale'yi kesin olarak bir daha geri verilmemek üzere alır.

18. yüzyıla gelinceye kadar yerleşim yeri olarak kullanılmayan Kadifekale zamanla harabeye dönüşür ve bu yüzyıldan itibaren de taşları alınıp, aşağıdaki şehirleşmede kullanıldığından, tiyatro stadyum gibi büyük yapılar yok olmuştur. Bugüne belli belirsiz izleri gelebilmiştir.

18. yüzyıldan sonra Kadifekale tekrar yerleşime açılır; camiler, sarnıç ve yollar ile Osmanlı Türk karakterli yapılaşmalar görülür. Bugüne kadar bu devrin eserlerinin kalıntıları belirsiz olarak gelebilmiştir. Çünkü bu devrin eserleri, gerekse antik kalıntılar, doğal tahribatın yanı sıra çok yoğun iskan nedeniyle sıkışıp kalmıştır.